W organizmie człowieka żyją tysiące różnych gatunków bakterii, a ich
liczba przewyższa dziesięciokrotnie liczbę ludzkich komórek. Ich wpływ
na fizjologię, odporność i stopień odżywienia jest bezdyskusyjny, lecz
jednocześnie bardzo złożony.
Identyfikacja i charakterystyka społeczności drobnoustrojów w organizmie człowieka to temat przewodni wielu projektów badawczych. Jednak, aby móc porównać dane pozyskane z rożnych badań i zredukować odchylenia konieczne jest ujednolicenie protokołów. Zakres finansowanej przez UE inicjatywy
IHMS (International human microbiome standards) objął standaryzację badań nad mikrobiomem człowieka.
Skupiając się głównie na jelitowych społecznościach drobnoustrojów, uczestniczące grupy porównały i zoptymalizowały standardowe procedury i protokoły pobierania próbek, sekwencjonowania genomów drobnoustrojów i analizy danych. Wszystkie standardowe procedury operacyjne (SOP) są dostępne na stronie internetowej projektu IHMS.
Partnerzy zoptymalizowali różne parametry procedury pobierania próbek, włączając w to czas i temperaturę, jak również przechowywanie, transport i jakość próbek. Najlepiej, jeśli próbki pobierane w domowych warunkach będą transportowane nie dłużej niż jeden dzień w warunkach chłodniczych i beztlenowych. Dwie zaproponowane przez uczestników projektu IHMS metody pobierania próbek i ich transportowania gwarantują zabezpieczenie gatunków drobnoustrojów do analizy.
Dzięki wykorzystaniu danych z 20 laboratoriów, konsorcjum opracowało 3 SOPy do sekwencjonowania DNA. Te dane poddano analizie i opracowano przy użyciu dwóch SOPów, aby przeprowadzić filogenetyczną ewaluację każdej próbki. Jest to ważne narzędzie do charakterystyki społeczności drobnoustrojów, gdzie pierwsza procedura oferowała charakterystykę taksonomiczną, a druga funkcjonalną.
Stworzono ogólną procedurę tworzenia klasterów genów z tych samych genomów i do składania całych genomów o wysokiej jakości. Umożliwiło to odkrycie ponad 500 nowych gatunków i około 5000 mniejszych elementów genetycznych, takich jak wirusy i plazmidy.
Badanie IHMS umożliwi określenie wpływu tła genetycznego, diety i, bardziej ogólnie, stylu życia na prawidłowe jelitowe społeczności drobnoustrojów. Dzięki możliwości projektowania nowatorskich farmaceutyków do poprawy stanu wewnętrznej mikroflory, projekt pomoże również w poprawie lub powrocie do zdrowia.
