IBD dotyka ok. 2–3 mln osób w samej Europie, powodując ogromny
dyskomfort i cierpienie. W swojej skrajnej postaci, jako choroba Crohna,
wymaga interwencji chirurgicznej i często ma ponure rokowania. Obecnie
powszechnie wiadomo, że wczesne zdiagnozowanie i szybkie podjęcie
leczenia pozwoliłyby osiągnąć lepsze rezultaty.
Wymaga to odkrycia swoistych biomarkerów, który pozwoliłyby
diagnozować i klasyfikować pacjentów według stopnia dotkliwości choroby.
Mając to na uwadze, zespół naukowców wspieranych ze środków UE,
zainicjował projekt "Diagnostic and prognostic biomarkers for
inflammatory bowel disease IBD-BIOM" (
IBD-BIOM), by wspólnymi siłami zidentyfikować biomarkery IBD.
Plan polega na połączeniu, w oparciu o dużą liczbę zgromadzonych
wcześniej próbek, informacji fenotypowych z danymi "omicznymi". Próbki
uzyskane od pacjentów zostaną zbadane na poziomie epigenetycznym,
glikomicznym, glikoproteomicznym i aktywomicznym. Z perspektywy
epigenetycznej, badacze mają nadzieję, że uda im się zidentyfikować
zmiany dotyczące całego genomu w metylacji DNA związanej ze zmienioną
ekspresją genu na różnych etapach przebiegu IBD.
Wykorzystując technologie wysokoprzepustowej chromatografii
cieczowej i spektrometrii mas, zespół IBD-BIOM przeanalizuje także
glikozylowanie cząsteczek IgG osocza krwi i połączy je z zapaleniem IBD.
Dane wstępne wskazują, że w odpowiedzi na stan zapalny następuje zmiana
schematu glikozylowania IgG. Podobna analiza różnicowo glikozylowanych
białek zostanie wykonana na próbkach jelit uzyskanych od chorych na IBD.
Dotychczas zidentyfikowana została liczba interesujących trafień
związanych z IBD. Są one poddane dalszym badaniom.
Ważnym osiągnięciem projektu jest stworzenie aktywomiki,
nowatorskiej technologii opracowanej przez jednego z partnerów projektu
IBD-BIOM służącej odkrywaniu biomarkerów. Aktywomika pozwala na
analizowanie enzymów odpowiedzialnych za modyfikacje potranslacyjne
(fosforylację, glikozylowanie lub proteolizę). W czasie zapalenia
widoczne są wyższe poziomy proteazy, jednak wciąż nie wiadomo, jaki ma
to związek z wystąpieniem i progresją IBD.
Łącząc informacje genetyczne, epigenetyczne i glikomiczne,
konsorcjum IBD-BIOM liczy, że uda mu się odkryć biomarkery kojarzone z
różnymi etapami IBD. Działania zespołu są rozpowszechniane za
pośrednictwem strony internetowej projektu, na której dostępne są także
filmy ukazujące dodatkowo trudności, z jakimi zmagają się na co dzień
chorzy na IBD.
