Dzięki badaniom
asocjacyjnym całego genomu naukowcy zidentyfikowali obszary genomu,
które zwiększają predyspozycje do RZS, lecz nie znaleźli konkretnych
genów tej choroby. Wynika to ze złożonych zależności pomiędzy genotypem a
fenotypem w RZS oraz innych chorobach autoimmunologicznych.
Białko 3 indukowane czynnikiem martwicy nowotworów alfa (TNFAIP3)
jest ujemnym regulatorem NF-kappaB i uczestniczy w ograniczaniu
działania szlaku sygnałowego receptora TNF. IGR są to sekwencje DNA w
regionach znajdujących się pomiędzy genami. Odkryto związek IGR
znajdującego się przed genem TNFAIP3 z takimi chorobami
autoimmunologicznymi, jak RZS, cukrzyca typu 1, choroby zapalne jelit i
toczeń rumieniowaty układowy.
Projekt GENTOPHEN koncentrował się na zidentyfikowaniu wariantów
genowych w locus TNFAIP3, które zwiększają podatność na RZS. Naukowcy
korzystali z najnowocześniejszych technologii, w tym bioinformatyki,
oznaczeń zmian w mobilności elektroforetycznej, immunoprecypitacji
chromatyny oraz zmodyfikowanej wersji techniki wychwytywania konformacji
chromosomu.
Wyniki ujawniły, że wariant genowy rs6927172 w locus TNFAIP3
przyczynia się do zaburzeń regulacji ekspresji TNFAIP3. To sugeruje z
wysokim prawdopodobieństwem uczestnictwo rs6927172 w patogenezie RZS.
Działania projektu pozwoliły opracować techniki wykraczające poza
bieżący stan wiedzy w dziedzinie złożonej genetyki chorób. Techniki te
mogą pomóc wyjaśnić etiologię innych chorób, równie złożoną jak w
przypadku RZS.